"Sözde Kudüs Ordusu" soruşturmasında usulsüzlük yapıldığına İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü suçlar Bürosu savcılarından İrfan Fidan'ın yürüttüğü soruşturmanın şüphelilerinden Zaman Gazetesi eski Genel Yayın Yönetmeni Ekrem Dumanlı hakkında 18 Eylül 2015 tarihinde yakalama ve gözaltı kararı alındığı ortaya çıktı.
Soruşturma savcısı İrfan Fidan tarafından 18 Eylül 2015 tarihinde İstanbul Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'ne yazılan yazıda, Dumanlı'nın, hakkında yakalama kararı bulunan FETÖ/PDY terör örgütü lideri Fethullah Gülen'in talimatlarını örgüt üyelerine ulaştırdığı ve örgütün kurgusu doğrultusunda kamuoyu oluşturduğu belirtildi.
Savcılık, Dumanlı'nın "Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya, görevlerini kısmen veya tamamen yapmasını engellemeye teşebbüs" ile "suç işlemek amacıyla silahlı örgüt kurmak veya yönetmek" suçlarından yakalanmasını ve hakkında gözaltı işlemi uygulanmasını istedi.
Dumanlı, Tahşiyeciler grubuna yönelik kumpas soruşturmasında şüpheli sıfatıyla gözaltına alınmış ve ifadesinin ardından yurt dışına çıkış yasağı uygulanarak serbest bırakılmıştı. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan "Tahşiyecilere kumpas" iddianamesinde Samanyolu Yayın Grubu Başkanı Hidayet Karaca, eski emniyet müdürleri Ali Fuat Yılmazer, Yurt Atayün, Ömer Köse, Tufan Ergüder ve Mutlu Ekizoğlu'nun aralarında bulunduğu 15'i tutuklu 32 kişi hakkında iddianame hazırlanmış, Dumanlı ile birlikte bazı şüphelilerin dosyası ise ayrılmıştı.